1. Pseudo-LaTeX ist nicht mehr strukturiert und damit nicht mehr maschienell erfassbar. Eine Konvertierung in andere Formate ist somit schwierig.
2. Damit einhergehend ist Pseudo-LaTeX bislang auch wenig standardisiert.
3. Ebenso ist die Navigation per Screenreader in Pseudo-LaTeX schwieriger, als in strukturierten Formaten wie HTML.
4. Pseudo-LaTeX erfordert zumeist viel manuelle Arbeit, um ein vorhandenes Skript zu konvertieren.